Do końca zbliża się proces modernizacji łącznie 25 pojazdów serii ST44 należących do PKP Cargo S.A. trwający od połowy 2018 roku. Kontrakt na przebudowę łącznie 38 pojazdów o wartości 176 mln zł netto został zawarty 21 maja 2018 roku, jednakże z powodu trudności finansowych przewoźnika spowodowanych m.in. spadkiem przewozów w związku z pandemią COVID-19 oraz innymi czynnikami liczba pojazdów została zmniejszona do 25 egzemplarzy wycenionych na 116 mln zł netto. Po modernizacji wzorem pojazdów przebudowanych w latach 2007-2012 lokomotywy otrzymują nowe czterosuwowe silniki spalinowe typu 12CzN26/26 (2D49) o mocy zbliżonej do oryginalnych (1470kW) produkowane przez fabrykę w rosyjskim mieście Kołomna. Nowością względem pojazdów z poprzednich serii są innego kształtu reflektory halogenowe w większych oprawach (tzw. „garnkach”) oraz osłony klimatyzatorów na dachach pojazdów.

Pierwszy egzemplarz zmodernizowanej lokomotywy oznaczony jako ST44-1252 (ex. ST44-717) został przekazany do eksploatacji pod koniec lipca 2019 roku z przydziałem do Centralnego Zakładu Spółki PKP Cargo S.A., zaś kolejne pojazdy dostarczano sukcesywnie do zakładów Centralnego, Północnego, Południowego, Śląskiego i Zachodniego.

Ostatnimi dwoma maszynami poddawanymi modernizacji są nieco wiekowe już lokomotywy ST44-089 (ŁTZ M62-816/1969) i ST44-172 (ŁTZ 1120/1971) pracujące na PKP już od ponad pół wieku. Pierwszy z pojazdów rozpoczął swą służbę w styczniu 1970 w lokomotywowni Warszawa Odolany, skąd po 8 latach został przeniesiony do Siedlec, a następnie do Białegostoku, gdzie pracował do połowy stycznia 2018 roku. Wówczas w dniu 16 stycznia podczas prowadzenia pociągu TMS 114020/1 relacji Warszawa Okęcie GT – Sokółka na szlaku Giżycko – Sterławki Wielkie spalinowóz uległ pożarowi instalacji elektrycznej wysokiego napięcia, co przyspieszyło jego wyłączenie z eksploatacji i włączenie w proces modernizacji.

Lokomotywa ST44-172 rozpoczęła swą służbę nieco ponad rok później w marcu 1971 roku w Jaworznie Szczakowej i przed ponad 35 lat była związana z obszarami rejonu śląsko-dąbrowskiego, pracując następnie w Bytomiu i Tarnowskich Górach. W 2008 roku pojazd został przeniesiony na północ kraju, wchodząc na ewidencję Zakładu Taboru w Olsztynie. Ostatnie kilometry przed modernizacją spalinowóz wykonał w Centralnym Zakładzie Spółki PKP Cargo S.A. w listopadzie 2018 roku.

Ciekawostkę dotyczącą modernizacji lokomotyw serii ST44 w ramach obecnego kontraktu z firmą Pesa Bydgoszcz S.A. stanowią trzy maszyny numerach 282, 1096 i 1109. Początkowo były one planowane do modernizacji dla ówczesnego właściciela spółki PKP Cargo S.A., jednakże ostatecznie zostały przebudowane dla innego podmiotu. W związku ze zmniejszeniem liczby pojazdów przewidzianych do przebudowy z 38 do 25 pojazdy te w momencie zmiany warunków kontraktu znajdujące się w trakcie rekonstrukcji lokomotyw zostały sprzedane przewoźnikowi Orlen KolTrans, zmieniając oznaczenia po modernizacji na serię M62 z zachowaniem dotychczasowych numerów ewidencyjnych.

W wyniku trzeciego etapu modernizacji lokomotyw serii ST44 spółka PKP Cargo S.A. zyskała 25 kompleksowo przebudowanych lokomotyw spalinowych a ostateczna liczba przebudowanych w latach 2007-2021 pojazdów wyniosła 76 sztuk.

Na ewidencji przewoźnika w dalszym ciągu pozostaje 11 sztuk pojazdów serii ST44 w stanie klasycznym (numery 199, 313, 324, 358, 360, 399, 1099, 1101, 1102, 1112 i 1113) oczekujących na dalsze decyzje odnośnie swego losu. Pojazd ST44-360 (ŁTZ M62-2097/1974) został wytypowany na egzemplarz historyczny oraz czynny pojazd zabytkowy przewoźnika i w chwili obecnej oczekuje na przeprowadzenie właściwych czynności utrzymania umożliwiających dopuszczenie do eksploatacji na specjalnych zasadach. Pozostałe lokomotywy oczekują napraw głównych (313, 324, 358, 399, 1099, 1101, 1102, 1112 i 1113) lub znajdują się w zapasie (ST44-199).